Organigrama El máximo órgano de la Confederación es la Asamblea General de todas las Federaciones y Confederaciones, que se reúne anualmente en Asamblea Ordinaria. Fue en la X Asamblea, celebrada en 1986, cuando se decidió la renovación de los estatutos iniciales, así como el diseño de una nueva estrategia orgánica. El cambio en la organización se realizó en la XV Asamblea, el 27 de marzo de 1988. En ella se nombró a la primera Junta Directiva, presidida por Teresa Tricio. El resto de los miembros fueron: José María García, Francisco Delgado, Miguel Sicilia, Paloma Cruz, María Teresa Esteban, María Luisa Obaya, Jacinto Lasheras y Antonio Naranjo. La Junta Directiva es el principal órgano de la Confederación entre asambleas; lleva a cabo los mandatos de la Asamblea General y representa a la Confederación como tal. Está formada por miembros de distintas federaciones. El 14 junio 1992 se celebró la XX Asamblea General en la que se nombró presidente a Francisco Delgado, en sustitución de Teresa Tricio. En un principio su mandato era para dos años pero se mantuvo en el cargo hasta 1996. El 16 de junio de 1996 fue elegido presidente Carlos Ladrón de Guevara, también miembro del Consejo Escolar del Estado, en la XXV Asamblea. Ladrón de Guevara presidió CEAPA durante dos mandatos consecutivos de dos años cada uno (1996-98 y 1998-2000). En la primera Junta Directiva de Ladrón de Guevara la vicepresidenta fue Santa González, la secretaria Isabel Rodríguez y el tesorero Pedro Crespo. Estos tres cargos fueron desempeñados durante su segunda Junta: Isabel Rodríguez (vicepresidenta), Manuel Galey (secretario) y Pedro Crespo (tesorero). CEAPA celebró el 10 y 11 de junio de 2000 la XXX Asamblea General y en la misma Carlos Ladrón de Guevara dejó la Presidencia tras una permanencia de cuatro años, período en que impulsó la presentación de una iniciativa legislativa popular ante el Parlamento, avalada por 600.000 firmas, para la gratuidad de los libros de texto. La candidata única Eulalia Vaquero sustituyó en el cargo a Ladrón de Guevara, con una Junta formada por Joan Amézaga (vicepresidente), Manuel Galey (secretario) y Leonisa de Rodrigo (tesorera). Vaquero criticó en su gestión la Prueba General de Bachillerato que el Ministerio entonces planeaba introducir al final del ciclo de secundaria para obtener el título correspondiente a este nivel y requisito previo de acceso a la enseñanza superior universitaria. Para CEAPA la prueba de selectividad ya garantizaba la homologación de conocimientos de los estudiantes de Bachillerato. Eulalia Vaquero fue relevada en la XXXII Asamblea General de CEAPA, 22 y 23 de junio de 2002, por Maite Pina, cuya Junta Directiva integran Ginés Martínez (vicepresidente), Francisco Montañés (secretario) y Fernando Vélez (tesorero). Además de la Asamblea, hay un órgano de control intermedio, de representación autonómica, que se reúne periódicamente, entre asambleas. Es el Consejo Autónomo.